Непрерывный ионный обмен это процесс разделения, осуществляемый несколькими последовательными хроматографическими колонками. Обычно после насыщения и заполнения каждой из колонок, их последовательно чистят, регенерируют, элюируют и балансируют. Регенерированная хроматографическая колонка возвращается в процесс непрерывной хроматографии и используется повторно, находясь в нижней части системы ионного обмена.